Динамически генерировать div с разными идентификаторами с помощью PHP

Выполняется ваш скрипт, вы просто не можете использовать document.write из него. Используйте предупреждение, чтобы проверить его и не использовать document.write. Заявления вашего js-файла с document.write не будут выполнены, а остальная часть функции будет выполнена.