Отказ от ответственности: Я являюсь владельцем проекта Entity Framework Plus
Функция EF + Query IncludeFilter позволяет фильтровать связанные объекты.
var buses = Context.Busses
.Where(b => b.IsDriving)
.IncludeFilter(x => x.Passengers.Where(p => p.Awake))
.ToList();
Wiki : EF + Query IncludeFilter