После переустановки MySQL у меня возникла такая же проблема, кажется, что во время установки некоторые файлы конфигурации, хранящие данные о файлах журнала InnoDB, эти файлы ib_logfile * (они являются файлами журнала справа?), перезаписываются. Чтобы решить эту проблему, я просто удалил файлы ib_logfile *.