Может ли хранение групповых строк в столбце (для использования с оператором LIKE) вызвать непредвиденные результаты запроса или проблемы с безопасностью?

Вы близки, но измените цикл while, чтобы выглядеть следующим образом:

while (in.hasNextLine()) {
    Scanner lineIn = new Scanner(line);
    //The initial case - this first line is used to determine the size of the array
    if(lineIn.hasNext()) {
        //Create a String array by splitting by spaces
        String[] s = lineIn.nextLine().split(" ");
        //Reinitialize the array to hold all of your subarrays
        matrix = new int[s.length];
        for (int i = 0; i < s.length; i++) {
            //Reinitialize each subarray to hold the numbers
            matrix[i] = new int[i];
            //Finally, parse your data from the String array
            matrix[0][i] = Integer.parseInt(s[i]);
        }
    }
    //Repeat the steps now that all of your arrays have been initialized
    for (int j = 1; j < matrix.length; j++) {
        String[] s = lineIn.nextLine().split(" ");
        for (int i = 0; i < s.length; i++) {
            matrix[j][i] = Integer.parseInt(s[i]);
        }
    }
}

Самое большое изменение, которое вы можете сделать, чтобы сделать это проще для себя, - это получить ваши номера в ряд -линия. С каждой строкой, которую вы получаете, легко разбить ее на массив строк, чтобы вы могли разобрать каждый номер отдельно. Сделав это таким образом, вы можете сразу получить всю длину массива без необходимости иметь неприятные счетчики.