Многие объяснения уже присутствуют, чтобы объяснить, как это происходит и как это исправить, но вы также должны следовать рекомендациям, чтобы избежать NullPointerException
вообще.
См. также: A хороший список лучших практик
Я бы добавил, очень важно, хорошо использовать модификатор final
. Использование "окончательной" модификатор, когда это применимо в Java
Сводка:
final
для обеспечения хорошей инициализации. @NotNull
и @Nullable
if("knownObject".equals(unknownObject)
valueOf()
поверх toString (). StringUtils
StringUtils.isEmpty(null)
. Вы можете использовать результат функции available.packages
. Например, чтобы узнать, от чего зависит ggplot2
:
pack <- available.packages()
pack["ggplot2","Depends"]
Что дает:
[1] "R (>= 2.14), stats, methods"
Обратите внимание, что в зависимости от того, что вы хотите достичь, вам может потребоваться проверить поле Imports
тоже.
У меня нет R, и мне нужно выяснить, какие R-пакеты были зависимыми от списка R-пакетов, запрашиваемых для использования в моей компании.
Я написал сценарий bash, который выполняет итерацию поверх список R-пакетов в файле и будет рекурсивно обнаруживать зависимости.
Скрипт использует файл с именем rinput_orig.txt как вход (пример ниже). Скрипт создаст файл с именем rinput.txt, так как он выполнит свою работу.
Сценарий создаст следующие файлы:
Сценарий Bash:
#!/bin/bash
# CLEANUP
rm routput.txt
rm rdepsfound.txt
rm r404.txt
# COPY ORIGINAL INPUT TO WORKING INPUT
cp rinput_orig.txt rinput.txt
IFS=","
while read PACKAGE; do
echo Processing $PACKAGE...
PACKAGEURL="http://cran.r-project.org/web/packages/${PACKAGE}/index.html"
if [ `curl -o /dev/null --silent --head --write-out '%{http_code}\n' ${PACKAGEURL}` != 404 ]; then
# GET LICENSE INFO OF PACKAGE
LICENSEINFO=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "License:" | grep -v "License:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}' | sed "s/|/,/g" | sed "s/+/,/g")
for x in ${LICENSEINFO[*]}
do
# SAVE LICENSE
LICENSE=$(echo ${x} | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}')
break
done
# WRITE PACKAGE AND LICENSE TO OUTPUT FILE
echo $PACKAGE $LICENSE $PACKAGEURL >> routput.txt
# GET DEPENDENCIES OF PACKAGE
DEPS=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "Depends:" | grep -v "Depends:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}')
for x in ${DEPS[*]}
do
FOUNDDEP=$(echo "${x}" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}' | sed "s/<\/span>//g")
if [ "$FOUNDDEP" != "" ]; then
echo Found dependency $FOUNDDEP for $PACKAGE...
grep $FOUNDDEP rinput.txt > /dev/null
if [ "$?" = "0" ]; then
echo $FOUNDDEP already exists in package list...
else
echo Adding $FOUNDDEP to package list...
# SAVE FOUND DEPENDENCY BACK TO INPUT LIST
echo $FOUNDDEP >> rinput.txt
# SAVE FOUND DEPENDENCY TO DEPENDENCY LIST FOR EASY VIEWING OF ALL FOUND DEPENDENCIES
echo $FOUNDDEP is a dependency of $PACKAGE >> rdepsfound.txt
fi
fi
done
else
echo Skipping $PACKAGE because 404 was received...
echo $PACKAGE $PACKAGEURL >> r404.txt
fi
done < rinput.txt
echo -e "\nRESULT:"
sort -u routput.txt
Пример rinput_orig.txt:
shiny
rmarkdown
xtable
RODBC
RJDBC
XLConnect
openxlsx
xlsx
Rcpp
Пример консольного вывода при запуске скрипта:
Processing shiny...
Processing rmarkdown...
Processing xtable...
Processing RODBC...
Processing RJDBC...
Found dependency DBI for RJDBC...
Adding DBI to package list...
Found dependency rJava for RJDBC...
Adding rJava to package list...
Processing XLConnect...
Found dependency XLConnectJars for XLConnect...
Adding XLConnectJars to package list...
Processing openxlsx...
Processing xlsx...
Found dependency rJava for xlsx...
rJava already exists in package list...
Found dependency xlsxjars for xlsx...
Adding xlsxjars to package list...
Processing Rcpp...
Processing DBI...
Processing rJava...
Processing XLConnectJars...
Processing xlsxjars...
Found dependency rJava for xlsxjars...
rJava already exists in package list...
Пример rdepsfound.txt:
DBI is a dependency of RJDBC
rJava is a dependency of RJDBC
XLConnectJars is a dependency of XLConnect
xlsxjars is a dependency of xlsx
Пример routeput.txt:
shiny GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
rmarkdown GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/rmarkdown/index.html
xtable GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html
RODBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html
RJDBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/index.html
XLConnect GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnect/index.html
openxlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/index.html
xlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsx/index.html
Rcpp GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html
DBI LGPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/DBI/index.html
rJava GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/index.html
XLConnectJars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnectJars/index.html
xlsxjars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsxjars/index.html
Надеюсь, что это помогает кому-то!
Другим опрятным и простым решением является внутренняя функция recursivePackageDependencies
из библиотеки packrat
. Однако пакет должен быть установлен в некоторой библиотеке на вашем компьютере. Преимущество заключается в том, что он работает с самодельными пакетами, отличными от CRAN. Пример:
packrat:::recursivePackageDependencies("ggplot2",lib.loc = .libPaths()[1])
:
[1] "R6" "RColorBrewer" "Rcpp" "colorspace" "dichromat" "digest" "gtable"
[8] "labeling" "lazyeval" "magrittr" "munsell" "plyr" "reshape2" "rlang"
[15] "scales" "stringi" "stringr" "tibble" "viridisLite"
browseURL('http://cran.r-project.org/web/packages/package.name')
– Carl Witthoft 1 February 2013 в 14:39setInternet2()
. – hadley 1 February 2013 в 19:06r.apt-get
:-) – Carl Witthoft 1 February 2013 в 19:27