Как подробно показать непринятые изменения в Git и некоторые изменения в git

Используйте конструктор с пятым параметром, поэтому для сброса графического контекста.

public PDPageContentStream(PDDocument document, PDPage sourcePage, boolean appendContent, 
                            boolean compress, boolean resetContext) throws IOException

в качестве альтернативы сохраните и восстановите состояние графики в первом потоке содержимого, вызвав

saveGraphicsState();
// ...
restoreGraphicsState();