Как я могу получить список веток Git, которые я недавно проверил?

Это известная проблема, и одно возможное решение предоставляется drop.levels() в пакете gdata , где ваш пример становится

> drop.levels(subdf)
  letters numbers
1       a       1
2       b       2
3       c       3
> levels(drop.levels(subdf)$letters)
[1] "a" "b" "c"

Существует также dropUnusedLevels в пакете Hmisc . Однако он работает только путем изменения оператора подмножества [ и здесь неприменим.

В качестве следствия прямой подход на основе столбца является простым as.factor(as.character(data)):

> levels(subdf$letters)
[1] "a" "b" "c" "d" "e"
> subdf$letters <- as.factor(as.character(subdf$letters))
> levels(subdf$letters)
[1] "a" "b" "c"