когда использовать na.omit против complete.cases

Ах, нет, нет. parser.parse_args() ожидает последовательность в том же виде, что и sys.argv[1:]. Если вы обрабатываете строку как последовательность sys.argv, вы получаете ['s', 'o', 'm', 'e', 'T', 'e', 's', 't', 'F', 'i', 'l', 'e']. 's' становится соответствующим аргументом, а затем остальная часть строки является неповторимой.

Вместо этого вы, вероятно, захотите перейти в parser.parse_args(['someTestFile'])