Я нашел, что ярлык "Супер +W" показывает все окна, даже если существует проблема, которую Вы описываете. Так, просто временное решение, но это работает хорошо :-)
Откройте окно терминала и инициируйте Gnucash оттуда. Необходимо видеть сообщения об ошибках в терминале, который должен помочь Вам обнаружить проблему.