HttpRuntime. Кэш [] по сравнению с приложением []

Как уже упоминалось, просто проверьте, есть ли qty isset перед добавлением к нему:

$vendel = array();
$indexArray = array();
foreach ($vd_arr as $miniarray) {

  $vendel[$miniarray['id']]['id'] = $miniarray['id'];
  $vendel[$miniarray['id']]['delivnote_id'] = $miniarray['delivnote_id'];
  // the magic is in the next line
  if(!isset($vendel[$miniarray['id']]['qty']))
      $vendel[$miniarray['id']]['qty'] = 0;
  $vendel[$miniarray['id']]['qty'] += $miniarray['qty'];
}

foreach($vendel as $value) {
  $indexArray[] = $value;
}
return $indexArray;

с некоторым рефакторингом мы могли бы избавиться от второго цикла цикла, если мы используем «id» в качестве ключа $ indexArray

$vendel = array();
$indexArray = array();

foreach ($vd_arr as $miniarray) {
    if(!isset($indexArray[$miniarray['id']])) {
        $indexArray[$miniarray['id']] = array(
            'delivnote_id' => $miniarray['delivnote_id']
            ,'qty' => 0
        );
    }
    $indexArray[$miniarray['id']]['qty'] += $miniarray['qty'];
}

return $indexArray;

Или, если вам нужны эти индексы для численного

$vendel = array();
$indexArray = array();
foreach ($vd_arr as $miniarray) {
    if(!isset($indexArray[$miniarray['id']])) {
        $indexArray[$miniarray['id']] = array(
            'id' => $miniarray['id']
            ,'delivnote_id' => $miniarray['delivnote_id']
            ,'qty' => 0
        );
    }
    $indexArray[$miniarray['id']]['qty'] += $miniarray['qty'];
}
return array_values($indexArray);