Почему мое приложение все еще бежит за закрытием главного окна?

Я не уверен, что вы хотите отправить два оператора SELECT в один запрос, потому что вы не сможете получить доступ к ним ResultSet s. База данных может возвращать только последний набор результатов.

Несколько ResultSets

Однако, если вы вызываете хранимую процедуру, которая, как вы знаете, может возвращать несколько наборов результатов, что-то вроде этого будет работать

CallableStatement stmt = con.prepareCall(...);
try {
...

boolean results = stmt.execute();

while (results) {
    ResultSet rs = stmt.getResultSet();
    try {
    while (rs.next()) {
        // read the data
    }
    } finally {
        try { rs.close(); } catch (Throwable ignore) {}
    }

    // are there anymore result sets?
    results = stmt.getMoreResults();
}
} finally {
    try { stmt.close(); } catch (Throwable ignore) {}
}

Несколько операторов SQL

Если вы говорите о нескольких операторах SQL и только одном SELECT, ваша база данных должна поддерживать один String SQL. Например, я использовал что-то вроде этого в Sybase

StringBuffer sql = new StringBuffer( "SET rowcount 100" );
sql.append( " SELECT * FROM tbl_books ..." );
sql.append( " SET rowcount 0" );

stmt = conn.prepareStatement( sql.toString() );

Это будет зависеть от синтаксиса, поддерживаемого вашей базой данных. В этом примере обратите внимание на добавление spaces, дополняющее высказывания, чтобы между элементами было пустое пространство.