Как загрузить внешний сценарий JavaScript в (чистый) документ SVG?

Невозможно сделать это в одном запросе. Вы должны искать документ в первом запросе:

Если существует документ:

db.bar.update( {user_id : 123456 , "items.item_name" : "my_item_two" } , 
                {$inc : {"items.$.price" : 1} } , 
                false , 
                true);

Else

db.bar.update( {user_id : 123456 } , 
                {$addToSet : {"items" : {'item_name' : "my_item_two" , 'price' : 1 }} } ,
                false , 
                true);

Не нужно добавлять условие {$ne : "my_item_two" } .

Также в многопоточной среде вы должны быть осторожны, чтобы только один поток мог выполнить второй (вставить регистр, если документ не был найден) за раз, в противном случае будут вставлены дублирующие вложенные документы.