UseMethod("t") сообщает вам, что t() является общей функцией ( S3 ), которая имеет методы для разных классов объектов.

Система отправки S3-метода

Для классов S3 вы можете использовать функцию methods для перечисления методов для определенной общей функции или класса.

> methods(t)
[1] t.data.frame t.default    t.ts*       

   Non-visible functions are asterisked
> methods(class="ts")
 [1] aggregate.ts     as.data.frame.ts cbind.ts*        cycle.ts*       
 [5] diffinv.ts*      diff.ts          kernapply.ts*    lines.ts        
 [9] monthplot.ts*    na.omit.ts*      Ops.ts*          plot.ts         
[13] print.ts         time.ts*         [<-.ts*          [.ts*           
[17] t.ts*            window<-.ts*     window.ts*      

   Non-visible functions are asterisked

«Невидимые функции являются звездочками» означает, что функция не экспортируется из пространства имен пакета. Вы можете просмотреть исходный код с помощью функции ::: (т. Е. stats:::t.ts) или с помощью getAnywhere(). getAnywhere() полезен, потому что вам не нужно знать, из какого пакета появилась функция.

> getAnywhere(t.ts)
A single object matching ‘t.ts’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for t from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x) 
{
    cl <- oldClass(x)
    other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
    class(x) <- if (any(other)) 
        cl[other]
    attr(x, "tsp") <- NULL
    t(x)
}
<bytecode: 0x294e410>
<environment: namespace:stats>

Система отправки S4

Система S4 - это более новый метод отправки и является альтернативой системе S3. Вот пример функции S4:

> library(Matrix)
Loading required package: lattice
> chol2inv
standardGeneric for "chol2inv" defined from package "base"

function (x, ...) 
standardGeneric("chol2inv")
<bytecode: 0x000000000eafd790>
<environment: 0x000000000eb06f10>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods("chol2inv")  for currently available ones.

Вывод уже содержит много информации. standardGeneric является индикатором функции S4. Предлагается метод для просмотра определенных методов S4:

> showMethods(chol2inv)
Function: chol2inv (package base)
x="ANY"
x="CHMfactor"
x="denseMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dtrMatrix"
x="sparseMatrix"

getMethod может использоваться для просмотра исходного кода одного из методов:

> getMethod("chol2inv", "diagonalMatrix")
Method Definition:

function (x, ...) 
{
    chk.s(...)
    tcrossprod(solve(x))
}
<bytecode: 0x000000000ea2cc70>
<environment: namespace:Matrix>

Signatures:
        x               
target  "diagonalMatrix"
defined "diagonalMatrix"

также методы с более сложными сигнатурами для каждого метода, например

require(raster)
showMethods(extract)
Function: extract (package raster)
x="Raster", y="data.frame"
x="Raster", y="Extent"
x="Raster", y="matrix"
x="Raster", y="SpatialLines"
x="Raster", y="SpatialPoints"
x="Raster", y="SpatialPolygons"
x="Raster", y="vector"

Чтобы увидеть исходный код для одного из этих методов, должна быть поставлена ​​целая сигнатура, например

getMethod("extract" , signature = c( x = "Raster" , y = "SpatialPolygons") )

Недостаточно предоставить частичную подпись

getMethod("extract",signature="SpatialPolygons")
#Error in getMethod("extract", signature = "SpatialPolygons") : 
#  No method found for function "extract" and signature SpatialPolygons

Функции, вызывающие невыгруженные функции

В случае ts.union, .cbindts и .makeNamesTs являются невыполненными функциями из пространство имен stats. Вы можете просмотреть исходный код невыгруженных функций с помощью оператора ::: или getAnywhere.

> stats:::.makeNamesTs
function (...) 
{
    l <- as.list(substitute(list(...)))[-1L]
    nm <- names(l)
    fixup <- if (is.null(nm)) 
        seq_along(l)
    else nm == ""
    dep <- sapply(l[fixup], function(x) deparse(x)[1L])
    if (is.null(nm)) 
        return(dep)
    if (any(fixup)) 
        nm[fixup] <- dep
    nm
}
<bytecode: 0x38140d0>
<environment: namespace:stats>

Функции, вызывающие скомпилированный код

Обратите внимание, что «скомпилированный» не обратитесь к байт-компилированному R-коду, созданному пакетом компилятора. Строка <bytecode: 0x294e410> в приведенном выше выводе указывает, что функция скомпилирована в байтах, и вы все еще можете просмотреть источник из командной строки R.

Функции, вызывающие .C, .Call, .Fortran, .External, .Internal или .Primitive вызывают точки входа в скомпилированном коде, поэтому вам нужно будет искать источники скомпилированного кода, если вы хотите полностью понять эту функцию. Это зеркало GitHub исходного кода R - достойное место для запуска. Функция pryr::show_c_source может быть полезным инструментом, так как она приведет вас непосредственно на страницу GitHub для вызовов .Internal и .Primitive. Пакеты могут использовать .C, .Call, .Fortran и .External; но не .Internal или .Primitive, поскольку они используются для вызова функций, встроенных в интерпретатор R.

Вызовы некоторых из вышеперечисленных функций могут использовать объект вместо символьной строки для ссылки на скомпилированные функция. В этих случаях объект имеет класс "NativeSymbolInfo", "RegisteredNativeSymbol" или "NativeSymbol"; и печать объекта дает полезную информацию. Например, optim вызывает .External2(C_optimhess, res$par, fn1, gr1, con) (обратите внимание, что это C_optimhess, а не "C_optimhess"). optim находится в пакете статистики, поэтому вы можете ввести stats:::C_optimhess, чтобы просмотреть информацию о вызываемой скомпилированной функции.

Скомпилированный код в пакете

Если вы хотите просмотреть скомпилированный код в пакете, вам нужно будет загрузить / распаковать исходный код пакета. Установленных двоичных файлов недостаточно. Исходный код пакета доступен из одного и того же CRAN (или совместимого с CRAN) репозитория, из которого первоначально был установлен пакет. Функция download.packages() может получить источник пакета для вас.

download.packages(pkgs = "Matrix", 
                  destdir = ".",
                  type = "source")

Это загрузит исходную версию пакета Matrix и сохранит соответствующий файл .tar.gz в текущем каталоге. Исходный код для скомпилированных функций можно найти в каталоге src несжатого и нераспределенного файла. Разомкнутый и необратимый шаг можно выполнить за пределами R или из R с помощью функции untar(). Можно объединить шаг загрузки и расширения в один вызов (обратите внимание, что один и тот же пакет может быть загружен и распакован таким образом):

untar(download.packages(pkgs = "Matrix",
                        destdir = ".",
                        type = "source")[,2])

В качестве альтернативы, если разработка пакета (например, через GitHub , R-Forge или RForge.net ), вы можете, вероятно, просмотреть исходный код онлайн.

Скомпилированный код в базовом пакете

Некоторые пакеты считаются «базовыми» пакетами. Эти пакеты поставляются с R, и их версия блокируется версией R. Примеры включают base, compiler, stats и utils. Таким образом, они недоступны в виде отдельных загружаемых пакетов на CRAN, как описано выше. Скорее, они являются частью дерева источников R в отдельных каталогах пакетов в /src/library/. Как получить доступ к источнику R, описан в следующем разделе.

Скомпилированный код, встроенный в интерпретатор R

Если вы хотите просмотреть встроенный код в интерпретаторе R, вы необходимо будет загрузить / распаковать источники R; или вы можете просмотреть источники в Интернете через репозиторий R Subversion или github mirror Winston Chang

Новая статья R Uwe Ligges [PDF] (стр. 43) является хорошей общей ссылкой о том, как просматривать исходный код для функций .Internal и .Primitive. Основные шаги - сначала искать имя функции в src/main/names.c, а затем искать имя «C-entry» в файлах в src/main/*.