Установление завершения работы закрывает мое приложение

Простой и общий способ -

julia> as_ints(a::AbstractArray{CartesianIndex{L}}) where L = reshape(reinterpret(Int, a), (L, size(a)...))
as_ints (generic function with 1 method)

julia> as_ints(indx)
2×9 reshape(reinterpret(Int64, ::Array{CartesianIndex{2},1}), 2, 9) with eltype Int64:
 1  3  4  1  2  4  1  1  4
 2  2  2  3  3  3  4  5  5

. Это работает для любой размерности, делая первое измерение индексом в CartesianIndex.