Какой древний, старый школьный код у Вас все еще есть перебрасывание?

@Кришан, кажется, вы уже нашли решение, и, если это так, возможно, будет полезно опубликовать его в качестве ответа.

В качестве альтернативы, вы можете использовать объект {workflow}, чтобы получить каталог Snakefile и оттуда построить путь к вашему скрипту Python. Если ваша структура каталогов:

./
├── Snakefile
├── data
│   └── sample.bam
└── scripts
    └── edit_bam.py

Файл Snake может выглядеть следующим образом:

rule all:
    input:
        'test.tmp',

rule one:
    input:
        'sample.bam',
    output:
        'test.tmp',
    shell:
        r"""
        cat {input} \
        | {workflow.basedir}/scripts/edit_bam.py >  {output}
        """

Выполнено с snakemake -d data ...

Кажется, объект workflow не является задокументировано, но проверьте эту ветку Есть ли способ получить полный путь к Snake-файлу внутри Snake-файла?

6
задан Michael 25 November 2011 в 10:27
поделиться

6 ответов

У меня есть MUD, который я записал и поддержал во время колледжа назад в 1990-1993. Весь C. Это была деривация MUD Diku по имени SillyMUD, и это была моя гордость и радость в то время.

Можно все еще найти код Межтруб, тут и там.

2
ответ дан 17 December 2019 в 00:15
поделиться

Некоторый абсолютно ужасный Perl кодирует, я записал, в 1998 все еще используется на определенном веб-сайте...

Ужасным я имею в виду нет use strict;, нет mys где угодно в нем...

2
ответ дан 17 December 2019 в 00:15
поделиться

Большая часть кода, который я имел от ST Atari, была в GFA-основном, я не захочу касаться тех пыльных дискет.

1
ответ дан 17 December 2019 в 00:15
поделиться

У нас есть тестовая обвязка, которая была orginally записана для работы Windows 3.1. В то время как фанера была обновлена много, кишки являются все еще тем же. Это все еще имеет некоторую далекую/длинную терминологию указателя в ядре.

1
ответ дан 17 December 2019 в 00:15
поделиться

Copy&paste как базовая стратегия развития делает меня очень, очень грустным.

-2
ответ дан 17 December 2019 в 00:15
поделиться

от старой стандартной программы Фортрана EISPACK:

C     THIS SUBROUTINE IS A TRANSLATION OF THE ALGOL PROCEDURE ELMHES,
C     NUM. MATH. 12, 349-368(1968) BY MARTIN AND WILKINSON.
C     HANDBOOK FOR AUTO. COMP., VOL.II-LINEAR ALGEBRA, 339-358(1971).
C
C     GIVEN A REAL GENERAL MATRIX, THIS SUBROUTINE
C     REDUCES A SUBMATRIX SITUATED IN ROWS AND COLUMNS
C     LOW THROUGH HIGH TO UPPER HESSENBERG FORM BY
C     STABILIZED ELEMENTARY SIMILARITY TRANSFORMATIONS.
...
C     QUESTIONS AND COMMENTS SHOULD BE DIRECTED TO BURTON S. GARBOW,
C     MATHEMATICS AND COMPUTER SCIENCE DIV, ARGONNE NATIONAL LABORATORY
C
C     THIS VERSION DATED AUGUST 1983.
0
ответ дан 17 December 2019 в 00:15
поделиться
Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: