@Кришан, кажется, вы уже нашли решение, и, если это так, возможно, будет полезно опубликовать его в качестве ответа.
В качестве альтернативы, вы можете использовать объект {workflow}
, чтобы получить каталог Snakefile и оттуда построить путь к вашему скрипту Python. Если ваша структура каталогов:
./
├── Snakefile
├── data
│ └── sample.bam
└── scripts
└── edit_bam.py
Файл Snake может выглядеть следующим образом:
rule all:
input:
'test.tmp',
rule one:
input:
'sample.bam',
output:
'test.tmp',
shell:
r"""
cat {input} \
| {workflow.basedir}/scripts/edit_bam.py > {output}
"""
Выполнено с snakemake -d data ...
Кажется, объект workflow
не является задокументировано, но проверьте эту ветку Есть ли способ получить полный путь к Snake-файлу внутри Snake-файла?
У меня есть MUD, который я записал и поддержал во время колледжа назад в 1990-1993. Весь C. Это была деривация MUD Diku по имени SillyMUD, и это была моя гордость и радость в то время.
Можно все еще найти код Межтруб, тут и там.
Некоторый абсолютно ужасный Perl кодирует, я записал, в 1998 все еще используется на определенном веб-сайте...
Ужасным я имею в виду нет use strict;
, нет my
s где угодно в нем...
Большая часть кода, который я имел от ST Atari, была в GFA-основном, я не захочу касаться тех пыльных дискет.
У нас есть тестовая обвязка, которая была orginally записана для работы Windows 3.1. В то время как фанера была обновлена много, кишки являются все еще тем же. Это все еще имеет некоторую далекую/длинную терминологию указателя в ядре.
Copy&paste как базовая стратегия развития делает меня очень, очень грустным.
от старой стандартной программы Фортрана EISPACK:
C THIS SUBROUTINE IS A TRANSLATION OF THE ALGOL PROCEDURE ELMHES, C NUM. MATH. 12, 349-368(1968) BY MARTIN AND WILKINSON. C HANDBOOK FOR AUTO. COMP., VOL.II-LINEAR ALGEBRA, 339-358(1971). C C GIVEN A REAL GENERAL MATRIX, THIS SUBROUTINE C REDUCES A SUBMATRIX SITUATED IN ROWS AND COLUMNS C LOW THROUGH HIGH TO UPPER HESSENBERG FORM BY C STABILIZED ELEMENTARY SIMILARITY TRANSFORMATIONS. ... C QUESTIONS AND COMMENTS SHOULD BE DIRECTED TO BURTON S. GARBOW, C MATHEMATICS AND COMPUTER SCIENCE DIV, ARGONNE NATIONAL LABORATORY C C THIS VERSION DATED AUGUST 1983.