SQLite - как получить среднее значение?

Потому что вам не хватает атрибута имени при вводе. Попробуйте эту

<input id="menu-1" type="number" class="min" maxlength="2" value="1" name="menu-1"> // check here name attribute at last.

форму сериализации принять значение из атрибута имени.

в вашем javascript

$("#form").click(function (e) {
        let form = $(this);
//for data filtering
var serializedReturn = form.find('input[name!=menu-1]').serialize(); // here menu-1 be removed.
        console.log(serializedReturn, 'value');
        e.preventDefault();
    });