Загадка: Найдите самый большой прямоугольник (максимальная прямоугольная проблема)

У вас довольно много jQuery-операций, которые, если их собрать во множество строк, могут занимать немалое количество времени. Вместо того, чтобы создавать множество коллекций jQuery (которые имеют некоторые накладные расходы) и пересчитывать индекс, который вы ищете на каждой итерации, рассмотрите использование вместо этого ванильного Javascript, который гораздо более легок. Вы также можете заранее создать массив значений фильтров и связанных с ними индексов, чтобы вам не приходилось перемещаться по DOM, чтобы найти их на каждой итерации:

$(".Filter").on('input', function() {
  $(".rowCount").val(filterGrid());
});

function filterGrid() {
  const values = Array.from(
    document.querySelectorAll('.thead .Filter'),
    elm => elm.value
  );
  
  let rowsShown = 0;
  document.querySelectorAll('.tbody .tr').forEach((tr) => {
    const tds = tr.querySelectorAll('.td');
    const noMatch = values.some((value, i) => {
      if (!value) {
        return;
      }
      const td = tds[i];
      return !td.innerHTML.includes(value);
    });
    if (noMatch) {
      tr.style.display = 'none';
    } else {
      tr.style.display = 'block';
      rowsShown++;
    }
  });
  return rowsShown;
}

Если этого недостаточно, вы можете использовать циклы for вместо методов массива, что сделает вещи немного быстрее (хотя и труднее читать).

Если у вас огромное количество строк в .tbody, и это все еще недостаточно быстро, то вы можете рассмотреть возможность добавления debouncer к слушателю input, так что filterGrid вызывается только, скажем, через 200 мс после того, как последний символ был набран, так что большая операция происходит только тогда, когда у вас есть хотя бы бит уверенности, что только что набранный символ может быть последним пользователь хочет ввести (вместо запуска filterGrid после каждого набранного символа):

let filterTimeout;
$(".Filter").on('input', function() {
  clearTimeout(filterTimeout);
  filterTimeout = setTimeout(() => {
    $(".rowCount").val(filterGrid());
  }, 200);
});