шаблон каталога gitignore игнорирует папку с тем же суффиксом, но я хочу включать его

Выходные данные из inotifywait имеют вид:

filename eventlist [eventfilename]

Если ваши имена файлов могут содержать пробелы и запятые, это становится сложно разобрать. Если он содержит только «нормальные» имена файлов, то вы можете сделать:

srcdir=/home/inventory/initcsv
tgtdir=/home/inventory/csvstorage
inotifywait -m -e create "$directory" |
while read filename eventlist eventfile
do
    sed '/^"EE/d'/' "$srcdir/$eventfile" > "$tgtdir/$eventfile" &&
    rm -f "$srcdir/$eventfile
done