Вычислите недостающие диапазоны даты и перекрывающиеся диапазоны даты между двумя датами

Вы можете использовать iText5 или iText7 для удаления потоков iref.

Блок iText5 ниже взят из http://forum.pdfsharp.net/viewtopic.php?f=2&t=693

static public PdfDocument Open(MemoryStream sourceStream)
  {
     PdfDocument outDoc = null;
     sourceStream.Position = 0;

     try
     {
        outDoc = PdfReader.Open(sourceStream, PdfDocumentOpenMode.Import);
     }
     catch (PdfSharp.Pdf.IO.PdfReaderException)
     {
        //workaround if pdfsharp doesn't support this pdf
        sourceStream.Position = 0;
        MemoryStream outputStream = new MemoryStream();
        iTextSharp.text.pdf.PdfReader reader = new iTextSharp.text.pdf.PdfReader(sourceStream);
        iTextSharp.text.pdf.PdfStamper pdfStamper = new iTextSharp.text.pdf.PdfStamper(reader, outputStream);
        pdfStamper.FormFlattening = true;
        pdfStamper.Writer.SetPdfVersion(iTextSharp.text.pdf.PdfWriter.PDF_VERSION_1_4);
        pdfStamper.Writer.CloseStream = false;
        pdfStamper.Close();

        outDoc = PdfReader.Open(outputStream, PdfDocumentOpenMode.Import);
     }

     return outDoc;
  }

У меня был переписать его для iText7 (все еще используя старый PDFSharp):

static PdfDocument CompatibleOpen(MemoryStream inputStream, PdfDocumentOpenMode openMode)
{
 PdfDocument pdfDocument = null;
 inputStream.Position = 0;

 try
 {
    pdfDocument = PdfReader.Open(inputStream, openMode);
 }
 catch (PdfSharp.Pdf.IO.PdfReaderException)
 {
    inputStream.Position = 0;
    MemoryStream outputStream = new MemoryStream();

    iText.Kernel.Pdf.WriterProperties writerProperties = new iText.Kernel.Pdf.WriterProperties();
    writerProperties.SetPdfVersion(iText.Kernel.Pdf.PdfVersion.PDF_1_4);

    iText.Kernel.Pdf.PdfReader pdfReader = new iText.Kernel.Pdf.PdfReader(inputStream);

    iText.Kernel.Pdf.PdfDocument pdfStamper = new iText.Kernel.Pdf.PdfDocument(pdfReader, new iText.Kernel.Pdf.PdfWriter(outputStream, writerProperties)); 

    iText.Forms.PdfAcroForm pdfForm = iText.Forms.PdfAcroForm.GetAcroForm(pdfStamper, true);
    if (!pdfForm.IsNull())
    {
       pdfForm.FlattenFields();
    }
    writerProperties.SetFullCompressionMode(false);

    pdfStamper.GetWriter().SetCloseStream(false);           
    pdfStamper.Close();

    pdfDocument = PdfReader.Open(outputStream, openMode);
 }
 return pdfDocument;
}

Я надеюсь, что это поможет кому-то пережить ту же боль, с которой я был, и сэкономит им несколько дней !!!