Как Вы отменяете постепенное исчезновение jQuery (), после того как оно запустилось?

Кроме того, вы можете проверить, находится ли элемент в середине анимации, используя селектор : animated :

$('#message').mouseover(
    function () {
      if($(this).is(':animated')) {
         $(this).stop().animate({opacity:'100'});
      }
    }
);