Ответ довольно очевиден: потому что Вы хотите использовать .NET на Linux.
Это, конечно, вызывает вопрос (который я думаю, действительно, что Вы достигаете): почему Вы хотели бы использовать .NET на Linux (по Java)?
Партии причин:
python-djvulibre - это набор привязок Python к djvulibre реализация djvu с открытым исходным кодом - я не пробовал, но похоже, что она должна соответствовать вашим потребностям.
Конечно, DjVuLibre SDK позволит получить доступ к текстовому слою - если он существует (не все файлы DjVu имеют текстовый слой; многие из них являются чисто растровыми изображениями).
Альтернативное решение может быть, чтобы ваш индекс основывался на технологии IIS. У CamiNova есть бесплатный IFilter, который вы можете использовать для этого.