Как я могу узнать, какие файлы были изменены в ответвлении?

В.NET 2.0, необходимо будет использовать Массив. Вид к виду FileSystemInfos.

Кроме того, можно использовать делегата Компаратора, чтобы избежать необходимости объявлять класс только для сравнения:

DirectoryInfo dir = new DirectoryInfo(path);
FileSystemInfo[] files = dir.GetFileSystemInfos();

// sort them by creation time
Array.Sort<FileSystemInfo>(files, delegate(FileSystemInfo a, FileSystemInfo b)
                                    {
                                        return a.LastWriteTime.CompareTo(b.LastWriteTime);
                                    });