Ответ joran мне очень помог, но мне пришлось использовать stat = "identity" в инструкции ggplot:
ggplot(dfm, aes(x = Input,y = value)) +
geom_bar(aes(fill = variable), position = "dodge", stat="identity") +
scale_y_log10()
Моя версия R равна 3.2 .2 и ggplot2 version 1.0.1
Спасибо.