Как заставить измененную основную историю отображать ветви, основанные на старой истории?

Обновите свою локальную версию мастера (это будет принудительное обновление (помеченное знаком + в выходных данных выборки), поскольку истории различаются)

git checkout master
git pull

Тогда вы сможете выбрать вишню или перебазировать ваши коммиты поверх недавно обновленного мастера. Вот с помощью cherry-pick:

git checkout feature-branch
git log
# in git log output, spot the commit SHAs of the commits you need ans store them

git cherry-pick <commitSHA> <otherCommitSHA>

(Могут возникнуть конфликты. Если это так, разрешите их как обычно)

Теперь ваши feature-branch можно объединить обратно в master (возможно, через пиар) без истории проблем.