Gitlab CI для нескольких папок приложений в 1 репо проекта

Если вы запускаете определенный этап на основе изменений в App1 или App2, вы можете использовать только ключевые слова + changes:

Использование ключевого слова changes только с или исключением позволяет определить, если задание должно быть создано на основе файлов, измененных событием git push.

Определите два этапа - один для App1, один для App2 и добавьте ключевое слово only + changes:

build_App1:
  script: ...
  only:
    changes:
      - path/to/App1/**/*

см. здесь для получения более подробной информации. И обязательно прочитайте предостережения здесь