Doxygen - разбирать все независимо от директивы препроцессора
В качестве альтернативы вы можете предоставить привилегию пользователя DROP_ANY_TABLE, если это необходимо, и процедура будет выполняться, так как это не требует каких-либо изменений. Опасно, может быть, но зависит от того, что вы делаете:)