На самом деле вам не нужно запускать команду из сеанса xterm, вы можете запустить ее напрямую:
String[] arguments = new String[] {"/path/to/executable", "arg0", "arg1", "etc"};
Process proc = new ProcessBuilder(arguments).start();
Если процесс реагирует интерактивно на входной поток и вы хотите ввести значения , затем сделайте то, что вы делали раньше:
OutputStream out = proc.getOutputStream();
out.write("command\n");
out.flush();
Не забудьте в конце '\n', хотя большинство приложений будут использовать его для идентификации конца ввода одной команды.