Диалог MFC не показывает строки параметров ресурса в выпадающем списке

Вам нужно запустить его с помощью исполняемого файла bash следующим образом:

Runtime.getRuntime().exec("/bin/bash -c your_command");

Обновление: как предложено xav , рекомендуется использовать ProcessBuilder :

String[] args = new String[] {"/bin/bash", "-c", "your_command", "with", "args"};
Process proc = new ProcessBuilder(args).start();