Ваш csv искажен. Выход не три цикла, а только один выход. Чтобы убедиться, что это один цикл, добавьте счетчик и увеличивайте его с каждым циклом.
Это то, что ваш код видит
0,Filipe,19,M\n1,Maria,20,F\n2,Walter,60,M
Попробуйте это
0,Filipe,19,M
1,Maria,20,F
2,Walter,60,M
while(file.good())
{
getline(file, ID, ',');
cout << "ID: " << ID << " " ;
getline(file, nome, ',') ;
cout << "User: " << nome << " " ;
getline(file, idade, ',') ;
cout << "Idade: " << idade << " " ;
getline(file, genero) ; \\ diff
cout << "Sexo: " << genero;\\diff
}