Отвечая на мой собственный вопрос скриптом, который выполняет только это: https://github.com/mprpic/apply-patch-to-file
Вместо изменения файл исправления вручную, он запрашивает у пользователя целевой файл, изменяет патч и применяет его к репо, в котором вы сейчас находитесь.