Как получить dbId всех элементов модели?

Попробуйте приведенный ниже код:

var frags = _viewer.model.getFragmentList().fragments.fragId2dbId;
frags.forEach(function(frag){
  frag.forEach(function(dbId){
    if (dbId<0) return;
     dbids.push(dbId);
  });
});

В качестве альтернативы вы можете выполнить итерацию дерева экземпляров через API производных моделей для обработки сравнения на стороне сервера - подробности см. Здесь