Если вы используете Express, то вы можете использовать модуль express-mongo-db , который позволяет вам получить соединение db в объекте запроса.
Установить
npm install --save express-mongo-db
server.js
var app = require('express')();
var expressMongoDb = require('express-mongo-db');
app.use(expressMongoDb('mongodb://localhost/test'));
routes / users.js
app.get('/', function (req, res, next) {
req.db // => Db object
});