$ wpdb обновляет несколько строк в WordPress

Неудивительно, что появляется неопределенная ошибка индекса массива, поскольку вы отключили вход dept_id. Чтобы сохранить значения dept_id, вы можете настроить скрытый вход dept_id после отключенного входа:

<?php foreach ( $deps as $dep ) { ?>
   <tr>
    <td><input type="text" value="<?php echo $dep['dept_id'] ?>" class="form-control" disabled></td>
    <td><input name="dept_id[]" type="hidden" value="<?php echo $dep['dept_id'] ?>" ></td>
    <td><input name="dept_name[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_name'] ?>" class="form-control"></td>
    <td><input name="dept_contact_name[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_contact_name'] ?>" class="form-control"></td>
    <td><input name="dept_contact_email[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_contact_email'] ?>" class="form-control"></td>
    <td><input name="dept_contact_tel[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_contact_tel'] ?>" class="form-control"></td>
    <td><input name="dept_contact_fax[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_contact_fax'] ?>" class="form-control"></td>
    <td><input name="dept_status[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_status'] ?>" class="small-text"></td>
  </tr> <?php } ?>

У вас есть свойство «disabled» в <td><input name="dept_id[]" type="text" value="<?php echo $dep['dept_id'] ?>" class="form-control" disabled></td> отключенных входах, которые не учитываются при отправке формы. измените его на только для чтения