Запустите скрипт оболочки из скрипта R на компьютере с Windows

    select budget_ID, 
     sum(case when type = 'allocated' then points else 0 end) as allocated,
     sum(case when type = 'issued' then points else 0 end) as issued
     ..rest of your query...
    group by budget_ID

Случаи могут использоваться для суммирования только при выполнении определенных критериев.