согласовать строки одного столбца в зависимости от условия другого столбца

Подход, который я предпочел бы, это использовать Scene с BorderPane как его корень

scene.setRoot(borderPane);

Вы можете добавить MenuBar в начало BorderPane и на своем Center вы можете поместить SplitPane

BorderPane borderPane = new BorderPane();
borderPane.setTop(menuBar);
borderPane.setCenter(splitPane);

. Когда вам нужно переключиться на WebView, просто замените его на SplitPane:

borderPane.setCenter(webView);

. Следуя этому подходу, ваш MenuBar всегда останется в TOP, и вы можете переключаться между SplitPane и WebView