проверьте, что расширение файла конфигурации nginx равно * .conf. например: /etc/nginx/conf.d/myfoo.conf
У меня такая же ситуация. После того, как я переименую свой файл конфигурации из myfoo в myfoo.conf, он исправлен. Не забудьте перезапустить nginx после его переименования.