Я склонен использовать подпроцесс вместе с shlex (для обработки экранирования цитируемых строк):
>>> import subprocess, shlex
>>> command = 'ls -l "/your/path/with spaces/"'
>>> call_params = shlex.split(command)
>>> print call_params
["ls", "-l", "/your/path/with spaces/"]
>>> subprocess.call(call_params)