После выполнения любой комбинации этих шагов и вы получите ошибку "Argument Batch Ignored"
после запуска R.exe, попробуйте это, это сработало для меня.
В Планировщике задач Windows:
Замените BATCH "C:\Users\desktop\yourscript.R"
в поле аргументов
с
CMD BATCH --vanilla --slave "C:\Users\desktop\yourscript.R"