Это случилось со мной, когда я изменил порт mysql с 3306 на 3307 в файлах my.ini и php.ini, но после изменения портов (3307-> 3306) он снова работал отлично.
Почему бы вам не попробовать вложить свои циклы, как это:
for d_id in dog_ids:
for file in train_file_list:
if file.startswith(d_id):
shutil.copy((root + "/Dataset/Images/" + file), (root + "/Dataset/Training/" + dog_ids_breeds[d_id]))
Надеюсь, это работает! :-)