Я не уверен, поможет ли это кому-либо, но я решил решить проблему с моей заблокированной базой данных.
Я использую PyCharm и обнаружил, что несколько экземпляров сценария, над которым я работал, были все работает. Обычно это было связано с ошибками в коде, который я тестировал, но он оставался активным (и, следовательно, соединение с db все еще было активным). Закройте все эти процессы (остановите все процессы) и повторите попытку - он работал каждый раз для меня!
Если кто-то знает способ сделать это таймаутом через некоторое время, прокомментируйте это решение. Я попробовал cur.execute("PRAGMA busy_timeout = 30000")
(найденный из другого потока по аналогичному вопросу), но он ничего не делал.