Попытайтесь заключить свои операторы в блок try / catch, чтобы узнать, происходит ли что-то во время открытия или записи файла:
try:
outFile = open('P4Output.txt','w')
outFile.write(output)
outFile.close()
except IOError as (errno,strerror):
print "I/O error({0}): {1}".format(errno, strerror)
И всегда закрывайте файл, чтобы система могла очистить ваши данные до перед закрытием файла.