Сохраните строки файла в списке, затем удалите список, который вы хотите удалить, и напишите оставшиеся строки в новый файл
with open("file_name.txt", "r") as f:
lines = f.readlines()
lines.remove("Line you want to delete\n")
with open("new_file.txt", "w") as new_f:
for line in lines:
new_f.write(line)