7
ответов

Как удалить границу сгенерированного Scipy и Matplotlib начерченной дендрограммы без удаления меток? [Дубликат]

Вот мой код: import matplotlib.pyplot как plt import pandas как pd из иерархии импорта scipy.cluster как hier df = pd.read_excel ('some_symmetricmatrix.xlsx') Z = hier.linkage (df, 'ward') ...
вопрос задан: 29 May 2009 09:45
3
ответа

Как Вы сравниваете “подобие” между двумя древовидными схемами (в R)?

У меня есть две древовидных схемы, которые я хочу сравнить друг с другом, чтобы узнать, насколько "подобный" они. Но я не знаю ни о каком методе, чтобы сделать так (уже не говоря о коде для реализации его, скажем, в R). Любой...
вопрос задан: 13 September 2014 09:36
1
ответ

Как вручную создать объект дендрограммы (или «hclust»)? (в R)

У меня есть дендрограмма, данная мне как изображения. Поскольку он не очень большой, я могу построить его «вручную» в объекте R. Поэтому мой вопрос заключается в том, как вручную создать объект дендрограммы (или hclust), когда ...
вопрос задан: 5 July 2019 19:01
1
ответ

То, как делают меня края цвета или тянут, реагирует правильно в древовидной схеме R?

Я генерировал эту древовидную схему с помощью R hclust (), as.dendrogram () и plot.dendrogram () функции. Я использовал dendrapply () функция и локальная функция для окраски листов, который хорошо работает. Я имею...
вопрос задан: 3 March 2019 20:13
1
ответ

Как показать фактические данные на листе Дендрограмма [дубликат]

Я сгруппировал множество изображений и представляю их в дендрограмме, Dendrogram показывает таблицы, которые ближе всего к кластерам и насколько они различны. Я также успел показать имена изображений, но я ...
вопрос задан: 4 January 2012 22:29
1
ответ

Генерация древовидных схем от данных генеалогии в R

Там какой-либо путь состоит в том, чтобы генерировать древовидную схему, где каждый уровень графика представляет поколение, и только сыновья того же родительского элемента соединены на каждом уровне? Я пытаюсь использовать R hclust и график...
вопрос задан: 9 February 2010 15:39
0
ответов

Как построить дендрограммы с большими наборами набора данных?

Я использую APE (анализ филогенетики и эволюции) пакета в R, имеющих функциональность рисунка Dendrogram. Я использую следующие команды, чтобы прочитать данные в формате Newikk, и нарисовать дендрограмму, используя ...
вопрос задан: 30 June 2019 16:05
0
ответов

Извлечение узлов и ребер из выходных данных иерархической кластеризации в Python

Используя дневную историю цен акций, я рассчитал матрицу корреляции. С кодом ниже, я получаю простую дендрограмму дерева. Но я хотел бы построить дендрограмму круга, упомянутую в этой ссылке. ...
вопрос задан: 5 March 2019 04:18
0
ответов

Как мне создать радиальный кластер, как в следующем примере кода на Python?

I ' Я нашел несколько примеров того, как создавать эти точные иерархии (по крайней мере, я так считаю), например, приведенные ниже stackoverflow.com/questions/2982929/, которые отлично работают и почти работают ...
вопрос задан: 23 May 2017 12:24
0
ответов

Преобразование ndarray, созданного hcluster, в строку Newick для использования с пакетом ete2

У меня есть список векторов, созданный путем выполнения: import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] where document_list is a collection of web ...
вопрос задан: 12 September 2016 08:59
0
ответов

Создание простой филогенетической дендрограммы (дерева )из списка видов

Я хочу сделать простое филогенетическое дерево для курса морской биологии в качестве учебного примера. У меня есть список видов с таксономическим рангом :Группа < -c («Бентос», «Бентос», «Бентос», «Бентос», «...
вопрос задан: 17 May 2016 05:04
0
ответов

Как составить тепловую карту из полу треугольной корреляционной матрицы, содержащей цветную дендрограмму?

У меня есть ранжированная матрица корреляции. Я хотел визуализировать половину треугольной корреляционной матрицы с помощью цветной дендрограммы heatmap.2 с функцией «gplots», где я потерпел неудачу, потому что не знаю, как это сделать ...
вопрос задан: 25 February 2015 01:06
0
ответов

Изменить листья дендрограммы

Я хочу изменить свойства листьев в дендрограмме, созданной из графика объекта hclust. Как минимум, я хочу изменить цвета, но любая помощь, которую вы можете оказать, будет оценена по достоинству. Я сделал ...
вопрос задан: 11 August 2014 19:07
0
ответов

Как поставить метки на ребра в примере Дендрограммы?

Имея древовидную диаграмму, такую ​​как дендрограмма, пример (, источник ), как можно поместить метки на ребра? Код Javascript для рисования ребер выглядит следующим образом: :var link = vis.selectAll ("path.link" )...
вопрос задан: 16 January 2014 13:52
0
ответов

альтернатива дендрограмме представления кластера в r

Я знаю, что дендрограммы довольно популярны. Однако, если имеется довольно большое количество наблюдений и классов, за ними трудно следить. Однако иногда я чувствую, что должен быть лучший способ представить то же самое...
вопрос задан: 3 November 2013 17:50
0
ответов

Построение дендрограммы в Scipy с ошибкой для большого набора данных

Я использую Scipy для иерархической кластеризации. Мне удается получить плоские кластеры на пороге, используя fcluster. Но мне нужно визуализировать сформированную дендрограмму. Когда я использую метод дендрограммы, он работает...
вопрос задан: 3 August 2013 02:06
0
ответов

формат связи scipy

Я написал свою собственную процедуру кластеризации и хотел бы создать дендрограмму. Самый простой способ сделать это — использовать функцию дендрограммы scipy. Однако для этого требуется, чтобы входные данные находились в ...
вопрос задан: 26 May 2013 18:21
0
ответов

Как построить и аннотировать иерархическую кластеризацию дендрограмм в Scipy / Matplotlib

Я использую дендрограмму от scipy для построения иерархической кластеризации с использованием matplotlib следующим образом: mat = array ([[1, 0.5, 0.9], [0.5, 1, -0.5], [0.9, -0.5, 1]]) plt. участок (1,2,1) ...
вопрос задан: 7 April 2013 11:30
0
ответов

дендрограмма на питоне

Я хочу написать код для рисования дендрограммы на питоне. есть ли простой способ сделать это. Я написал код, который идентифицирует кластеры в точечном наборе данных, и хочу создать дендрограмму...
вопрос задан: 7 April 2013 11:26
0
ответов

Отображение дендрограмм TraMineR (R )в текстовом/табличном формате

Я использую следующий код R для создания дендрограммы (см. прикрепленное изображение )с метками на основе последовательностей TraMineR :библиотека (TraMineR )библиотека (кластер )clusterward < -agnes (twitter.om, diss = TRUE,...
вопрос задан: 6 April 2013 08:41
0
ответов

Дерево/дендрограмма с коленчатыми соединителями в d3

Я новичок в d3.js (и SVG в целом), и я хочу сделать что-то простое:дерево/дендрограмму с угловыми соединители. Я каннибализировал пример d3 отсюда:http://mbostock.github.com/d3/ex/...
вопрос задан: 30 September 2012 22:02
0
ответов

Как я могу создавать такие графики?

Я столкнулся с таким графиком, который выполняет иерархическую кластеризацию заданного набора данных временных рядов. Может кто-нибудь сказать мне, как рисовать такие сюжеты? Я открыт для реализации на R или...
вопрос задан: 30 September 2012 21:53
0
ответов

Агломеративная кластеризация в Matlab

У меня есть простой двухмерный набор данных, который я хочу кластеризовать агломеративным способом (не зная оптимальное количество кластеров для использования). Единственный способ, которым я смог успешно сгруппировать свои данные ...
вопрос задан: 30 September 2012 21:18
0
ответов

Экспорт дендрограммы в виде таблицы в R

Я хотел бы экспортировать дендрограмму hclust-из R в таблицу данных, чтобы впоследствии импортировать ее в другую ("домашнюю-сделанную")программное обеспечение. str(unclass(fit))предоставляет текстовый обзор для...
вопрос задан: 2 July 2012 09:32
0
ответов

Маркировка листьев ggdendro несколькими цветами

У меня есть ситуация, когда я рисую дендрограмму с точками данных, которые идут с метками классов. Я хочу видеть, что агломеративная кластеризация объединяет людей с одним и тем же ярлыком. Цвет ...
вопрос задан: 8 November 2011 03:18
0
ответов

Нарисуйте дендрограмму на Python вручную

Я реализовал алгоритм для решения проблемы кластеризации в графе. Я использовал библиотеку Python «python-graph» для представления графа. Теперь, на каждом этапе моих вычислений (алгоритм ...
вопрос задан: 26 June 2011 13:57
0
ответов

Древовидная схема, сгенерированная scipy-кластером, не показывает

Я использую scipy-кластер для генерации иерархической кластеризации на некоторых данных. Как заключительный шаг приложения, я вызываю функцию древовидной схемы для графического изображения кластеризации. Я работаю на Снегу Mac OS X...
вопрос задан: 3 June 2010 16:21