10
ответов

Есть ли какие-либо существующие решения для создания универсальной базы данных последовательности DNA с фронтэндом веб-сайта?

Я хотел бы создать базу данных последовательности rRNA с веб-фронтэндом для лаборатории, в которой я работаю. Кажется распространенным в биологии хотеть искать большое количество последовательностей с помощью алгоритмов выравнивания такой как...
вопрос задан: 12 December 2009 17:09
8
ответов

Поиск строки, допускающей одно несоответствие в любом месте строки

Я работаю с последовательностями DNA длины 25 (см. примеры ниже). Я имею список 230,000 и должен искать каждую последовательность во всем геноме (токсоплазма gondii паразит). Я не уверен как...
вопрос задан: 23 May 2017 12:10
5
ответов

Генерация синтетического продукта последовательность DNA с уровнем замены

Учитывая эти исходные данные: мой $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp мой $sub_rate = 0.003; мой $nof_tags = 1000; мой @dna = QW (C G T); я хочу генерировать: Одна тысяча длин 10 Замен тегов...
вопрос задан: 30 July 2018 01:39
4
ответа

Быстрые алгоритмы поиска уникальных наборов в двух очень длинных последовательностях текста

Мне нужно сравнить последовательности ДНК Х и Y хромосомы, и найти паттерны (состоящие из примерно 50-75 пар оснований), которые являются уникальными для Y-хромосомы. Обратите внимание, что эти части последовательности могут повторяться в ...
вопрос задан: 27 August 2010 03:40
2
ответа

кластерные короткие, гомогенные строки (DNA) согласно общим подшаблонам и согласию извлечения классов

Задача: кластеризировать большой бассейн коротких фрагментов DNA в классах, которые совместно используют общий sub-sequence-patterns и находят последовательность согласия каждого класса. Пул: приблизительно 300 фрагментов последовательности 8 - 20...
вопрос задан: 2 October 2009 12:50
0
ответов

Какой объем памяти потребуется для хранения генома человека?

Я ищу объем памяти в байтах (МБ, ГБ, ТБ и т.д.), необходимый для хранения одного генома человека. Я прочитал несколько статей в Википедии о ДНК, хромосомах, парах оснований, генах и имею некоторые...
вопрос задан: 3 February 2019 15:06
0
ответов

игра в хаос для последовательностей ДНК

Я попробовал математический код для создания игры в хаос для последовательностей ДНК, размещенной по этому адресу: http: // facstaff .unca.edu / mcmcclur / blog / GeneCGR.html, который выглядит следующим образом: genome = Import ["c: \ data \ ...
вопрос задан: 22 October 2012 21:36
0
ответов

Как построить генный граф для последовательности ДНК, скажем, ATGCCGCTGCGC?

Мне нужно сгенерировать случайное блуждание на основе последовательности ДНК вируса, учитывая его последовательность пар оснований из 2 тыс. Пар оснований. Последовательность выглядит как «ATGCGTCGTAACGT». Путь должен повернуть направо для A, ...
вопрос задан: 22 October 2012 21:32