В моем случае наличие записей, указанных в узле реестра HKLM / SOFTWARE (64-бит), было достаточно, чтобы вызвать сбой установки на 32-битном узле Win7.
Симптомы были одинаковыми для VS 2010 / 2013, используя бесплатный интегрированный продукт InstallShield. Я смог сохранить любые настройки ЦП в установленном проекте. Не было никаких других специальных настроек, необходимых для проекта установки MSI.