Вот что я в итоге сделал, когда у меня была такая же проблема (по крайней мере, я думаю, что это та же проблема). Я пошел в каталог A и запустил git init
.
Так как я не хотел, чтобы файлы в каталоге A сопровождались git, я редактировал .gitignore и добавил к нему существующие файлы. После этого я побежал git remote add origin '<url>' && git pull origin master
et voíla, B «клонировал» в A без единого икоты.