R объединить mapply и sapply

Ваше цитирование неверно. Run ожидает командную строку (заключенную в двойные кавычки), а двойные кавычки внутри этой строки должны быть удвоены, чтобы избежать их. Измените это:

objShell.Run(""C:\Prog...fier\AjaxMin.exe"" stroutput1 -o outputpath)

на это:

objShell.Run """C:\Prog...fier\AjaxMin.exe"" stroutput1 -o outputpath"

и, возможно, добавьте , 0, True (запустите скрытый и дождитесь возвращения команды).