Это то, что я считаю лучшим решением. Google Analytics вводится таким образом.
var (function(){
var p="https:" == document.location.protocol ? "https://" : "http://";
d=document,
g=d.createElement('script'),
s=d.getElementsByTagName('script')[0];
g.type='text/javascript';
g.src=p+'url-to-your-script.js';
s.parentNode.insertBefore(g,s); })();