Вы можете использовать планировщик окон для планирования задачи для удаления вашей программы через X секунд.
Командная строка: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb736357 % 28VS.85% 29.aspx
Или API: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa383608%28VS.85%29.aspx