Контейнер Java EE: управляет выполнением запуска EJB, JMS, JTA на сервере Java EE, например. JBoss, Glassfish.
Веб-контейнер: управляет выполнением веб-страниц, сервлетов и некоторых компонентов EJB для приложений Java EE. Веб-компоненты и их контейнер запускаются на веб-сервере, таком как Jetty, tomcat.